Со временем люди перебираются на другие планеты, но вместе с тем стали появляться преступные группировки. Правительство не в силах разобраться с ними, и тогда возрождают древнюю практику охоты за головами.

Наши главные герои, Спайк Шпигель и Джет Блэк, являются охотниками. Путешествуя по Солнечной системе на корабле «Bebop», они берут себе в команду Фэй Валентайн — красивую картёжницу с невероятно большим долгом. Также к ним на борт присоединяются Радикал Эдвард — цифровой гений и модифицированная собака Эйн.